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北京新冠病毒序列公布,病毒从哪里来?

6月13日,北京市民们排队等待核酸检测。
 
   编者按
 
  6月11日,一例新冠肺炎患者的确诊,打破了北京连续56天无本地报告新增确诊病例的短暂宁静。之后,北京每天都有新的新冠肺炎确诊病例的报告。截至6月17日24时,已有158人确诊为新冠肺炎。
 
  那么,导致此次北京疫情的病毒从哪里来?如何暴发?这既是一个科学问题,也关系到下一步疫情的防控策略。
 
   撰文 | 汤佩兰 赵亚杰
 
  责编 | 陈晓雪
 
  最新数据显示,北京目前流行的新冠病毒序列与流行于欧洲的新冠病毒更加接近,但比欧洲现在流行的新冠病毒要古老。
 
  “这表明此次在北京流行的病毒是现有病毒分支,且与欧洲流行的病毒相似,而非由动物传染到人的新发疫情。因该病毒与多个国家流行的病毒相似,所以无法判定病毒的来源。” 北京时间6月18日深夜,Nextstrain 的推特账户发布了三组来自北京的新冠病毒序列的信息,并作出上述判断。该平台在本次新冠大流行中负责聚合来自于世界各地的新冠病毒序列以构建病毒进化树。
 
  这一判断与中国疾控专家此前披露的信息大体一致。6月15日,中国疾病预防控制中心流行病学首席专家吴尊友表示,此次疫情肯定不是在北京的原发地发生的,是从外部输入的。他同时指出,此次病毒与在欧洲广泛传播的毒株序列更加相近,但这不代表病毒一定来自欧洲国家,有待进一步收集信息来帮助判断。
 
  根据中央纪委国家监委网站6月19日报道,“从基因组流行病学的初步研究结果看,这个病毒是从欧洲来的,但是它跟欧洲当下流行的病毒又有一定差别,它比现在欧洲流行的病毒要老。” 中国疾控中心病毒病所所长助理张勇表示。
1 病毒从何而来?
 
  三组病毒序列信息,其中两组分别来源于53岁与25岁的男性患者、一组则来源于环境样本,均采集于6月11日,由中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所在6月17日上传至全球共享流感数据倡议组织(GISAID)数据库。
  根据上传的病毒序列信息,本次在北京流行的新冠病毒隶属于进化枝20B,而该进化枝常见于欧洲,与该序列最接近的病毒来源于捷克、中国台湾,希腊以及葡萄牙。
  这三组病毒序列,均携带D614G突变。根据此前的报道,携带D614G突变的新冠病毒毒株自今年2月份出现以来,感染人数在全球范围内不断飙升,已经取代2019年的原始毒株成为主流病毒株。另外,美国两家研究机构近日对出现在S蛋白中的D614G变异做了初步研究,发现新冠病毒S蛋白的D614G变异会提升新冠病毒感染细胞的能力。
 
  那么,带有D614G突变的病毒感染人的能力是否也会更高?
 
  武汉大学病毒学国家重点实验室研究组长、生命科学学院教授陈宇曾向《知识分子》表示,现在还没有研究证明不同国家或地区流行的新冠病毒致病力或者传播力有差别,这还需要一系列严谨的科学研究,找到对应关键的分子机制,证明它的致病率和病毒的复制能力,在细胞、动物模型及人的致病性上有显著的差别,才能够下定论。
 
  病毒是如何在北京开始流行的呢?
 
  结合北京公布的流调情况推测,53岁男性样本或为6月11日在此次北京暴发的疫情中发现的首例患者,他曾于6月3日前往新发地批发市场购买海鲜;25岁的男性样本可能为6月12日上午确诊的中国肉类食品综合研究中心员工,6月5日曾前往新发地市场进行采样(编者注:其工作内容与市场采样工作相关)。
 
  目前,北京大部分确诊的病例都与新发地批发市场有关,有关专家指出暴发可能是从市场的水产区开始的。
 
  6月18日下午,吴尊友表示,在来自新发地市场工作人员的病例中,按照卖水产、卖牛羊肉、卖蔬菜、卖杂货的职业分类,发现卖水产的感染人数相比较其他的人要多,其次是牛羊肉。把诊断报告时间、发病时间按照不同的职业做了频数分布后,发现水产一类的工作人员发病时间较其他的要早。此外,通过市场环境采样分析,发现污染比较严重的地方在水产类和牛羊肉大厅。
 
  张勇分析说:“这其中涉及到好几种可能性。比如病毒潜伏在了进口的冷冻食品当中,在从境外到境内的整个存储、运输的期间,病毒由于被冷冻没有发生进化,所以它不会发生变异;也有可能病毒是在新发地农产品批发市场等阴暗潮湿的环境里潜伏下来,没有被消毒、灭菌,在一定时间内突然暴露感染人,导致进化速度变慢,最终我们看到的就是这些毒株更接近于欧洲老病毒(编者注:欧洲老病毒指比现在流行于欧洲的新冠病毒更古老)。”
 
  值得注意的是,4月的哈尔滨本土聚集性病例传播链,通过全基因组测序,其结果支持传播源是境外输入病例。据《黑龙江日报》报道,中国工程院院士、哈尔滨医科大学校长张学介绍,4月15日,黑龙江省疾控中心将两批样本送至中国疾控中心,拿到了21人的全基因组测序数据,通过基因组序列数据分析发现,这些基因组序列间99.99%是一致的。张学表示,对21人的基因组分析,确定为1个传播链,证明病毒是通过一个人传开的。
 
  “通过基因测序分析明显看到,这个传播链的新冠病毒基因组序列,与中国人群中以往测过的病毒基因组序列是明显不一样的。” 张学表示,测序结果支持传播源来自国外,是境外输入病例。
 
  在 GISAID 数据库,目前还没有看到来自哈尔滨的病例基因组测序数据。在北京疫情的三组病毒样本之前,中国大陆上传到 GISAID 数据库的最近一组新冠病毒序列来自广东第八医院,采样时间为4月16日。
 
2 北京疫情走向如何?
 
  北京市暴发新冠肺炎本土病例以来,从6月11日至17日,累计确诊病例达158例。接下来,北京疫情走向如何?
 
  吴尊友表示,“北京的疫情已经控制住了”。他解释说,对6月17日报告的21例病例发病时间分析发现,基本上是在6月12号以前发生的感染。”如果把病人的发病时间做一个曲线的话,现在高峰是发生在6月13号。”
 
  吴尊友强调,“控制住” 并不意味着明天后天就变成0了,这个曲线还会延一段时间,但是病例数会越来越少。
 
  北京市疾控中心副主任庞星火在6月17日则表示,目前病例中以普通型和轻型病例为主,占总病例数的95%,由于初期病例均与该市场存在流行病学关联,再结合发病时间的流行曲线,由此推断,疫情在早期即被发现。
 
  她警告说,“目前北京市疫情还处于上升期,考虑新发地市场是本市最大的农副产品交易场所,物流广泛、人员密集,疫情扩散风险大,控制难度较大,不排除发病人数未来还会维持并持续一定时间。”
 
  6月18日晚,国家卫健委高级别专家组成员、中国疾控中心流行病学前首席科学家曾光在一场直播采访中表示”不敢太乐观“,理由是在本次疫源地——北京新发地外,还出现次生疫源地——西城区广外天陶红莲菜市场。该市场在6月14日检出个别点位核酸检测结果呈阳性。“(要)从战术上重视,到底还有多少,我们是不是都清楚了。” 曾光说。
 
  最近,全球在肉类加工或海鲜市场多次报道有新冠病毒的小暴发事件。例如,德国北威州居特斯洛县的一个肉类加工厂暴发了聚集性的新冠病毒感染事件,截至6月17日有657名员工确诊感染新冠病毒。
 
  中国科学院一位研究遗传与进化的科学家表示,这些场所的新冠病毒的小暴发事件,提示湿润的低温条件可能有助于病毒的存活。
 
  至于北京的疫情,“我初步判断就是5月下旬开始人传人。可能更早就进入海鲜市场,但是应该一直在蛰伏(冰冻)中。” 他告诉《知识分子》。
 
  此前,也有专家推测病例出现的时间很可能要提前一个月。6月16日,在上海的重大疫情防控机制专题调研会议上,中国疾控中心主任高福推测称,北京此次暴发疫情,可能不是在6月初、5月底才出现的病人,很可能要提前推一个月,这中间已有好多无症状感染或者轻型病人。
 
  如何确定该推测能否成立?6月18日晚,香港大学生物医学学院金冬雁告诉《知识分子》,“应该返回去查抗体看看,在这以前到底有多少人已经受感染。把这个搞清楚的话,对了解整个疫情的规模各方面是比较有帮助的。” 通过抗体检测或者抗体抽样检测,可以帮助了解病毒是否已经在很长一段时间里有隐性传播。
 
  张勇也表示,“在新发地农产品批发市场的环境中检出大范围的阳性标本,确实给我们一些提示:这个病毒已经进来有一段时间了。如果说只是很短的时间,可能不会有这么大的污染范围。当然,这也还需要更多的数据来证实。”
 
   参考资料
 
  1. 病毒来自欧洲?三文鱼“背锅”?重启小汤山?吴尊友都回应了https://mp.weixin.qq.com/s/I3m8yz0NMeI5ZaurYrVeeQ
 
  2 .Zhang L, Jackson C B, Mou H, et al. The D614G mutation in the SARS-CoV-2 spike protein reduces S1 shedding and increases infectivity[J]. bioRxiv, 2020.
 
  3. Daniloski Z, Guo X, Sanjana N, et al. The D614G mutation in SARS-CoV-2 Spike increases transduction of multiple human cell types[J]. bioRxiv, 2020.
 
  4. 现有研究更支持归国留学生韩某为此轮哈尔滨疫情传播源
 
  https://mp.weixin.qq.com/s/Rv8_CLYcx2qzdysQs45j-w
 
  5. 中疾控三进北京新发地有了新发现:检出的病毒比欧洲流行的病毒要老
 
  https://tech.sina.cn/2020-06-19/detail-iirczymk7800198.d.html
 
  http://www.ccdi.gov.cn/toutiao/202006/t20200618_220376.html 
 
 
 
 



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